1908年（明治41年），由教堂建筑的名匠——铁川与助设计并施工的第一座砖瓦教堂。
这是在教堂建筑由木制转为砖瓦的时期建造的，保留了当时的原形，在日本全国的教堂中堪称杰作，受到了高度评价。
部落成为荒村后，教堂一时之间也处于了荒废状态。然而，昭和60年（1985年）小值贺町作为宝贵的文化财产投入巨资进行了全面改建，直到至今。
平成元年（1989年）3月，教堂被指定为长崎县文化财产，平成19年（2007年）作为“长崎县的教堂群与基督教关联遗产”，列入了联合国教科文组织的世界遗产备选名单。

这个教堂的建造背景中，铭刻着隐居岛上、在严酷环境中艰苦度日的17户基督教徒的历史。
在这座几乎已渺无人烟的岛上，教堂作为人们祈祷的象征，至今仍屹立在高起的山丘上，守护着这个部落。